本系之前身「特殊教育中心」於民國69年9月由教育部核定成立;中心宗旨以發展特殊教育,協助輔導區內各級學校推展特殊教育,達到教育機會均等的理想。79學年度本校由師專改制師院,於初等教育系內設有「特殊教育組」,並開設特殊教育學分班,培育國小及幼稚園特殊教育師資,作為本系設立之根基。86學年度本校成立特殊教育學系,招收新生1班計40名公費生。90學年度奉准成立碩士班,培育特殊教育進階及研究人才。93學年度辦理「學士後中等學校特殊教育師資職前教育學分班」,98學年辦理「資賦優異類師資職前教育課程學分班」提供現職教師在職進修,本系教師也一直支援師培中心辦理的「特殊教育學程(國小組及學前組)」,提供本校各系學生修習特殊教育教師職前課程。98學年度本系獲核定辦理特殊教育教學碩士班,以提供具有教師資格之國小或幼稚園教師進修特殊教育之機會。
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